局机关内设办公室、土地审批与利用股、土地规划与地籍耕保测绘股、矿产资源管理股、法规监察信访股、劳动人事股（财务股）6个股室。设二级机构5个：土地监察大队，编制30人，实有人员102人；土地整理中心，编制2人，实有人员11人；土地储备中心，编制7人，实有人员6人；土地市场服务中心，编制5人，实有人员12人；不动产登记中心，编制40人，实有25人；18个基层所，编制85人，实有80人。